I Sverige finns åtta strukturfondspartnerskap som har i uppgift att prioritera bland ansökningar om EU:s projektstöd för regional konkurrenskraft och sysselsättning. Jönköpings län ingår i strukturfondspartnerskapet för Småland och Öarna, som också innefattar länen Kalmar, Kronoberg och Gotland. Region Jönköpings län representeras av Lennart Bogren,C, Irene Oskarsson, KD och Berry Lilja, S. Totalt under programperioden 2014-2020 är drygt 1 miljard kronor tillgängliga för Småland och Öarna.

Projektbeslut som rör Jönköpings län, helt eller delvis, och är beviljade inom ramen för den regionala utvecklingsfonden (ERUF):

• Automation Småland, Gislaveds Näringslivs AB, beviljades 5 618 918 kronor för att tillföra ny teknik, kompetens samt forskning och innovation, för att öka konkurrenskraften hos automationsföretagen och övrig industri.
• Innovation Runway, Science Park Jönköping AB, beviljades 9 987 617 kronor för att skapa en väl beprövad innovationsprocess som är tillgänglig för länets företag och som möjliggör en starkare innovationskultur inom befintligt näringsliv.
• Träregion Småland 2015-2017, Träcentrum Nässjö, beviljades  3 860 641 kronor för att fokusera på satsningar kring strategisk FOU, kompetensutveckling och strategiskt utvecklingsarbete.
• Almi Invest Småland och Öarna, ALMI Invest Småland och Öarna AB, beviljades 60 000 000 kronor för att säkerställa långsiktig kapitalförsörjning i regionen.
• Kraftsamling Biogas II, Swerea Swecast AB, beviljades 4 606 524 kronor för att öka mängden och andelen biogas inom transportsektorn i Jönköpings län och därmed bidra till att fordonflottan är fossilfri 2030.

Projektbeslut som rör Jönköpings län och är beviljade inom ramen för den sociala fonden (ESF):

• Hela kedjan till arbete, Arbetsförmedlingen, beviljades 15 983 323 kronor för att kvinnor och män får det stöd som behövs från myndigheterna i en strukturerad, lokalt anpassad fyrpartssamverkan för att nå arbete eller utbildning.
• Konjunkturpaktetet, Gislaveds kommun, beviljades 3 454 853 kronor för att skapa beredskap inför konjunktursvängningar genom att bygga upp samverkansrutiner mellan förvaltningar och mellan deltagande aktörer att bli en del av den ordinarie verksamheten.